ตัวแทน J (Will Smith) และ K (Tommy Lee Jones) กำลังกลับมา … ในเวลา J ได้เห็นสิ่งที่ลึกลับบางอย่างใน 15 ปีของเขากับ Men in Black แต่ไม่มีอะไรแม้แต่คนต่างด้าว, งงงันเขามากที่สุดเท่าที่คู่ค้าของเขาเฉื่อยชา, เฉื่อยชา แต่เมื่อชีวิตของ K และชะตากรรมของดาวเคราะห์ถูกวางเดิมพันหุ้นตัวแทน J จะต้องเดินทางกลับในเวลาเพื่อทำให้ถูกต้อง J ค้นพบว่ามีความลับในจักรวาลที่ K ไม่เคยบอกเขา – ความลับที่จะเปิดเผยตัวเองในขณะที่เขาร่วมมือกับตัวแทนหนุ่ม K (Josh Brolin) เพื่อช่วยเพื่อนร่วมงานหน่วยงานและอนาคตของมนุษยชาติ
Agents J (Will Smith) and K (Tommy Lee Jones) are back…in time. J has seen some inexplicable things in his 15 years with the Men in Black, but nothing, not even aliens, perplexes him as much as his wry, reticent partner. But when K’s life and the fate of the planet are put at stake, Agent J will have to travel back in time to put things right. J discovers that there are secrets to the universe that K never told him – secrets that will reveal themselves as he teams up with the young Agent K (Josh Brolin) to save his partner, the agency, and the future of humankind.